SMK Muhammadiyah 2 Yogyakarta, pada awal berdirinya dengan nama SMEP (Sekolah Menengah Ekonomi Pertama) Muhammadiyah 1 Yogyakarta. Pada tahun 1965, SMEP Muhammadiyah 1 Yogyakarta ditingkatkan statusnya menjadi SMEA (Sekolah Menengah Ekonomi Pertama) Muhammadiyah 2 Yogyakarta yang berkedudukan di Jalan Kapas No. 1 Yogyakarta. Pengukuhan menjadi SMEA Muhammadiyah 1 Yogyakarta pada tanggal 2 Agustus 1965 atau bertepatan dengan 3 Rabiul Akhir 1386 H

Pada awal mula menjadi SMEA Muhammadiyah 2 Yogyakarta, SMEA Muhammadiyah 2 Yogyakarta membuka 2 Jurusan yaitu Jurusan Administrasi Program Studi Sekretaris Perkantoran dan Jurusan Keuangan Program Studi Akuntansi. Pada tahun 1997, seiring dengan program dari Departemen Pendidikan Nasional, SMEA Muhammadiyah 2 Yogyakarta berganti nama menjadi SMK Muhammadiyah 2 Yogyakarta. Pada tahun 2004, SMK Muhammadiyah 2 Yogyakarta menambah 1 program keahlian baru yaitu Teknik Komputer dan Jaringan. Sehingga pada tahun 2004, SMK Muhamadiyah 2 Yogyakarta mempunyai 3 Program Keahlian yaitu : Program Keahlian Akuntasi, Program Keahlian Administrasi Perkantoran dan Program Keahlian Teknik Komputer dan Jaringan.

URUTAN PEJABAT KEPALA SEKOLAH :